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Euro analytica 2020 基于质谱的蛋白质组学：过去、现在和未来 - MV Jagannadham - CSIR 细胞和分子生物学中心。

MV 贾甘纳丹姆

蛋白质纯化、表征和功能分析在理解细胞生物学方面发挥着至关重要的作用。早些时候，通过埃德曼降解法对蛋白质进行测序已经很长时间用于蛋白质的鉴定。然而，与这些耗时的过程相关的复杂性需要开发用户友好且需要更少时间的新技术。随着质谱软电离技术的发展，翻译后修饰的蛋白质鉴定、定量和检测已成为多个实验室的常规做法。蛋白质鉴定中错误发现的检测以及不同定量方法之间的差异导致了质谱方法的不断发展。使用不同的电离方法，即碰撞诱导解离 (CID)、高能碰撞 (HCD)、电子转移解离 (ETD) 和电子捕获解离 (ECD)，有利于肽/蛋白质的测序。除此之外，对肽进行化学修饰并进行质谱分析有助于提高肽的测序效率。不同量化方法的比较研究以及与数据库和数据相关的问题将讨论从头测序方法。自上而下和自下而上的方法都将通过相关示例进行解释。技术发展的未来前景也将得到强调。利用质谱法进行肽序列测定在自下而上的蛋白质鉴定方法中发挥着至关重要的作用。为了正确识别蛋白质，尽量减少错误检测并验证肽序列非常重要。获得的 MS/MS 谱图往往碎片不完全且谱图质量较差。对肽进行化学修饰然后进行质谱分析是提高光谱质量的另一种方法。  计算机模拟从人类蛋白质中设计出具有不同 N 末端氨基酸的衍生胰蛋白酶肽，使用 LC 耦合 ESI-MS/MS 进行合成和分析。还研究了乙酰化对肽断裂的影响。胰蛋白酶肽的 N 末端乙酰化可形成 b ₁ -离子，提高 b-离子的丰度和出现率。在某些情况下，某些 y 离子的强度和出现情况也有所不同。因此，发现乙酰化是一种片段化导向的化学修饰，可提高肽序列测定的效率。乙酰化是一种简单的反应，可以按照蛋白质组学的要求对肽混合物进行。乙酰化方法扩展到从南极细菌蛋白质组产生的胰蛋白酶肽使用蛋白质组学工作流程和肽的质谱对丁香假单胞菌Lz4W 进行了分析。乙酰化和未乙酰化肽的 MS/MS 谱图的比较表明，乙酰化有助于提高谱图质量并验证肽序列。使用该方法，对鉴定的 1070 种蛋白质中的 673 种蛋白质进行了验证。为了正确识别蛋白质，尽量减少错误检测并验证肽序列非常重要。获得的 MS/MS 谱图往往碎片不完全且谱图质量较差。对肽进行化学修饰然后进行质谱分析是提高光谱质量的另一种方法。  计算机模拟从人类蛋白质中设计出具有不同 N 末端氨基酸的衍生胰蛋白酶肽，使用 LC 耦合 ESI-MS/MS 进行合成和分析。还研究了乙酰化对肽断裂的影响。胰蛋白酶肽的 N 末端乙酰化可形成 b ₁ -离子，提高 b-离子的丰度和出现率。在某些情况下，某些 y 离子的强度和出现情况也有所不同。因此，发现乙酰化是一种片段化导向的化学修饰，可提高肽序列测定的效率。结果表明，乙酰化在改善从头合成过程中发挥着重要作用。肽的测序效率。乙酰化是一种简单的反应，可以按照蛋白质组学的要求对肽混合物进行。使用蛋白质组学工作流程，将乙酰化方法扩展到从南极细菌丁香假单胞菌Lz4W 的蛋白质组生成的胰蛋白酶肽，并对肽的质谱进行分析。乙酰化和未乙酰化肽的 MS/MS 谱图的比较表明，乙酰化有助于提高谱图质量并验证肽序列。使用该方法，对鉴定的 1070 种蛋白质中的 673 种蛋白质进行了验证。人们发现乙酰化对于大量已鉴定的蛋白质来说是一种很好的肽序列验证方法。