免疫组学研究
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FLAVIdB：用于黄病毒知识发现的数据挖掘系统，可直接应用于免疫学和疫苗学

背景 黄病毒属异常庞大，包括 70 多个物种，其中一半以上是已知的人类病原体。它包括一组临床相关的传染原，例如登革热病毒、西尼罗河病毒、黄热病病毒和日本脑炎病毒。尽管这些病原体已被广泛研究，但大多数黄病毒缺乏安全有效的疫苗。结果我们组装了一个数据库，该数据库结合了黄病毒抗原数据、专业分析工具和自动化复杂分析工作流程，重点关注免疫学和疫苗学应用。FLAVIdB 包含 12,858 个黄病毒抗原序列条目、184 个经过验证的 T 细胞表位、201 个经过验证的 B 细胞表位以及登革热病毒包膜蛋白的 4 个代表性分子结构。FLAVIdB是通过集合组装而成的，注释以及来自 GenBank、GenPept、UniProt、IEDB 和 PDB 的数据集成。数据受到广泛的质量控制（冗余消除、错误检测和词汇整合）。通过组织从文献中提取的信息来对选定的功能相关特征进行进一步注释。该数据库被纳入可通过网络访问的数据挖掘系统，结合专门的数据分析工具，对相关数据类别（蛋白质序列、大分子结构和免疫表位）进行综合分析。数据挖掘系统包括用于变异性和保守性分析、T 细胞表位预测以及 B 细胞表位中和成分表征的工具。FLAVIdB 可通过 cvc.dfci.harvard 访问。