病毒学与真菌学
开放获取

抽象的

美国阿肯色州流感样疾病患者中检测到人类呼吸道冠状病毒

卡米拉·S·席尔瓦、丽莎·B·穆利斯、小奥拉沃·佩雷拉、琳达·J·赛义夫、阿纳斯塔西娅·弗拉索娃、张旭明、兰德尔·J·欧文斯、戴尔·保罗索、黛博拉·泰勒、利亚·M·海恩斯、玛丽·P·阿泽维多

急性呼吸道病毒常常导致显着的发病率和死亡率。人类呼吸道冠状病毒（CoV）感染的潜在影响一直被低估，直到2003年严重急性呼吸综合征（SARSCoV）爆发，这表明新的高致病性冠状病毒可能会引入人类，凸显了监测循环冠状病毒的重要性。敏感分子方法的使用有助于对人类传播的病毒进行鉴别诊断。我们的研究目的是调查在阿肯色州流行的人类冠状病毒株的分子流行病学、其遗传变异性及其与报告的流感样症状的关联。我们分析了阿肯色州卫生部 2010 年收集的 200 份鼻拭子样本，用于流感诊断。所有样本均来自出现急性呼吸道症状但流感检测呈阴性的患者。使用冠状病毒定量逆转录聚合酶链反应 (qRT-PCR) 多探针对样本进行预筛选，并进行验证性全冠状病毒和/或毒株特异性逆转录酶 (RT)-PCR，然后进行序列分析。qRTPCR 检测出 79 个样本（39.5%）呈阳性，常规 RT-PCR 检测出 35 个样本（17.5%）呈阳性。对 23 个已确认的样本（59%）进行了测序。最常见的病毒株是 HCoV-OC43 样病毒株，其次是 NL63 样病毒株；只有一份样本 HCoV-229E 呈阳性，一份样本 HCoV-HKU1 呈阳性。在三个样本中检测到了类似猫科动物的冠状病毒株，这代表了种间传播或新的人类病毒株的可能证据。17% 的冠状病毒阳性样本对其他呼吸道病毒也呈阳性，例如呼吸道合胞病毒 (RSV)、副流感 2 型和副流感 3 型以及鼻病毒。因此，2010 年，HCoV-OC43、NL63、HKU1 和新的猫科病毒株在阿肯色州流行。在 16% 表现出急性呼吸道症状且流感病毒诊断呈阴性的患者中，HCoV 是唯一检测到的呼吸道病毒。