免疫组学研究
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负鼠细胞因子基因的计算机识别表明有袋动物免疫系统的复杂性可与真兽类哺乳动物相媲美

Emily SW Wong、Lauren J Young、Anthony T Papenfuss 和 Katherine Belov

背景：细胞因子是调节脊椎动物免疫的小蛋白质。有袋类和真兽类哺乳动物最后一次拥有共同祖先是在 1.8 亿多年前，因此使用传统实验室技术分离许多关键的有袋类细胞因子的尝试未能成功也就不足为奇了。由于分子数据的缺乏，一些作者认为有袋动物的免疫系统是“原始的”，与真兽类（胎盘类）哺乳动物复杂的免疫系统不相上下。结果：第一个有袋动物基因组的测序使我们能够识别高度不同的免疫基因。我们使用基因预测方法，结合使用 BLAST、SYNTENY + BLAST 和 HMMER 进行基因定位鉴定，鉴定了 23 个关键的有袋动物免疫基因，包括 IFN-γ、IL-2、IL-4、IL-6、IL-12 和 IL-13，位于灰短尾负鼠 (Monodelphis Domestica) 的基因组中。其中许多基因并未在公开的自动注释中预测。结论：有袋动物和真兽动物之间的直向同源细胞因子的鉴定证明了该方法的功效，这些细胞因子在氨基酸水平上仅具有 30% 的同一性。此外，关键免疫基因的存在表明有袋动物确实拥有复杂的免疫系统，其功能可能与真兽类哺乳动物相似。有袋动物和真兽动物之间的直向同源细胞因子的鉴定证明了这种方法的威力，这些细胞因子在氨基酸水平上仅具有 30% 的同一性。此外，关键免疫基因的存在表明有袋动物确实拥有复杂的免疫系统，其功能可能与真兽类哺乳动物相似。有袋动物和真兽动物之间的直向同源细胞因子的鉴定证明了这种方法的威力，这些细胞因子在氨基酸水平上仅具有 30% 的同一性。此外，关键免疫基因的存在表明有袋动物确实拥有复杂的免疫系统，其功能可能与真兽类哺乳动物相似。