植物生物化学与生理学杂志
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植物 5' 至 3' mRNA 衰变途径两个组件中潜在功能保守基序的计算机模拟鉴定

路易斯·大卫·马尔多纳多-博尼拉

mRNA 降解途径影响转录组的重塑。5' 至 3' mRNA 衰变途径由三种后续作用机制组成：脱腺苷化、脱帽和 5' 至 3' 核酸外切衰变。该途径各组成部分之间的特定物理相互作用对于生成能够正确破坏真核生物中不必要的转录本的功能复合物至关重要。有关该途径组分结构的大部分信息来自对酵母和动物的研究，但对于植物同源衰变因子中蛋白质-蛋白质相互作用结构域和基序的保守性知之甚少。脱帽亚基 DCP1 和 5' 至 3' 核糖核酸外切酶 XRN4 是该途径的关键组成部分。为了了解植物中这些蛋白质的结构和保守性，检索、比对并搜索被子植物、苔藓植物和裸子植物云杉的相应同源物的保守序列。比较揭示了植物和后生动物中的保守结构域和结构基序，这意味着真核生物早期进化过程中可能出现的共同物理相互作用，例如，DCP1的三聚化和β-折叠对富含脯氨酸的序列（PRS）的识别。 Dcp1/EVH1 样结构域。然而，计算机分析表明，植物腐烂因子含有特定的基序，例如 DCP1 本身中的 PRS，这些基序可能会赋予植物特殊的功能。此外，