蛋白质组学与生物信息学杂志
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菜豆假设蛋白 PHA VU_004G136400g 的计算机结构和功能预测

Zohaib Bashir、Muhammad Rizwan、Kanwal Mushtaq、Anum Munir 和 Ishtiaq Ali

假设蛋白（HP）是指其发生已被预测，但体内功能尚未被制造出来的蛋白质。阐明这些 HP 的结构和功能机密愿景同样可能促进对不同生命种类中蛋白质-蛋白质关系或网络的更好理解。菜豆（Phaseolus vulgaris）是世界上人类直接消费的最重要的豆类食品，也是人类消费的最重要的谷物豆类，并且在可持续农业中发挥着重要作用，有助于其固定大气氮的能力。然而，尽管这种作物很重要，但其遗传学特征却很少。在本研究中，选择菜豆（普通豆）的假设蛋白质进行分析，并通过独特的生物信息学设备和数据库进行建模。一级和二级结构分析表明，XP_007152511.1是一种稳定的疏水蛋白，含有大量的α-螺旋；同源建模使用了 SWISS-MODEL 服务器，其中与 XP_007152511.1 蛋白质的模板同一性较少，这证明了我们的蛋白质的新颖性。Ab 的初始策略是为了产生其 3D 结构。对质量评估和验证参数的一些评估确定了生成的蛋白质模型稳定且具有真正的高质量。通过ProtFun 2.2完成功能分析，KEGG（KAAS）推荐假设的蛋白是具有核结构域的翻译因子。据观察，该蛋白质对于翻译过程充满活力，参与跨膜屏障，信号传导和细胞过程以及蛋白质结合。建议进一步的测试批准将有助于预测不同植物和生物的其他未表征蛋白质的结构和功能。