蛋白质组学与生物信息学杂志
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天竺白牦牛DNA碱基切除修复酶APEX1的分子克隆及生物信息学分析

张全伟、王雪英、宫继尚、马友基、张勇、赵兴旭

寻找高海拔适应性和抗寒候选基因的分子遗传学已成为世界范围内高原生物学特别是人类和牦牛的研究热点。APEX1作为内参基因，在碱基切除修复（BER）酶中发挥着至关重要的作用，对牦牛APEX1的研究有助于了解牦牛在高原的适应情况，进而进一步提高其经济价值。克隆天竺白牦牛无嘌呤/无嘧啶位点核酸内切酶1（APEX1）的cDNA全长序列，研究APEX1的抗逆作用及其机制。采用PCR和RACE技术获得APEX1 cDNA全长序列。结果表明，牦牛APEX1 cDNA全长1391 bp（GenBank登录号KF611690），ORF 957 bp，编码318个氨基酸。氨基酸序列分析表明APEX1在大多数哺乳动物中高度保守。预测牦牛 APEX1 的分子量和 pI 分别为 35.1 KDa 和 7.82。根据对天竺白牦牛APEX1氨基酸的分析，APEX1是一种亲水性蛋白，但不是分泌性跨膜蛋白。预测的 APEX1 3D 结构与人类 APEX1 具有相似的折叠和拓扑结构。采用实时定量PCR检测APEX1在肝脏、心脏、睾丸、卵巢、肺、脑、肌肉、脾脏和肾脏中的相对表达量，结果提示牦牛APEX1 mRNA在脑中表达量最高，其次是卵巢、脾脏和肾脏。根据对天竺白牦牛APEX1氨基酸的分析，APEX1是一种亲水性蛋白，但不是分泌性跨膜蛋白。预测的 APEX1 3D 结构与人类 APEX1 具有相似的折叠和拓扑结构。采用实时定量PCR检测APEX1在肝脏、心脏、睾丸、卵巢、肺、脑、肌肉、脾脏和肾脏中的相对表达量，结果提示牦牛APEX1 mRNA在脑中表达量最高，其次是卵巢、脾脏和肾脏。根据对天竺白牦牛APEX1氨基酸的分析，APEX1是一种亲水性蛋白，但不是分泌性跨膜蛋白。预测的 APEX1 3D 结构与人类 APEX1 具有相似的折叠和拓扑结构。采用实时定量PCR检测APEX1在肝脏、心脏、睾丸、卵巢、肺、脑、肌肉、脾脏和肾脏中的相对表达量，结果提示牦牛APEX1 mRNA在脑中表达量最高，其次是卵巢、脾脏和肾脏。