蛋白质组学与生物信息学杂志
开放获取

抽象的

绿豆黄花叶印度病毒-Ub05外壳蛋白MHC结合肽和表位的预测

萨里卡、莫哈德. Akram, MA 伊克巴尔和 Naimuddin K

印度绿豆黄花叶病毒（MYMIV）被认为是最重要的经济病毒之一，影响绿豆、豆豆、豇豆、木豆等多种豆科作物，发生在印度次大陆。在本研究中，MYMIV 的外壳蛋白被用来寻找高度合适的 MHC 结合肽和表位。使用级联支持向量机 (SVM) 发现 39 个肽区域与 TAP 结合肽具有高亲和力。这些外壳蛋白 TAP 转运蛋白中很少有 201- NRFFKVNNY（得分 9.208）、108- KRFCIKSVY（得分 8.817）、44-RWTNRPMWR（得分 8.790）、134- NVMFKLCR（得分 8.672）和 41- KRRRWTNRP（得分 8.498），其中得分基于平均值氨基酸在特定位置的亲和力。基于 SVM 的预测混杂 MHC II 类结合物的方法报告了 MHCII-IAb 肽区域、30-PASAGGVPT、127-IKSKNHTNT、44-RWTNRPMWR、6-YDTAFSTPI（最佳得分 1.220）；MHCII-IAd 肽区域，226-NALLLYMAC、30-PASAGGVPT、32-SAGGVPTNM、236-HASNPVYAT，（最佳评分 0.620）；MHCII-IAg7 肽区域，13-PISNARRRL、212- YNHQEAAKY、221-ENHTENALL、209-YVVYNHQEA（最佳得分 1.569）和 MHCII- RT1.B 肽区域，223- HTENALLLY、188- TGGQYACKE、168- TVKNDLRDR、4- RTYDTAFST，（最佳得分 0.932）作为可能预测的外壳蛋白结合物。本研究发现，MYMI 病毒外壳蛋白中最适合用于开发特异性抗体的预测片段是 56-FYRLYRSPDVPRGCEGPCKVQSF–78、206-VNNYVVYNHQ-215 和 108-KRFCIKSVYITG-119。通过这种方法鉴定的片段往往是高效结合物，与较大的分子相比，其中更大比例的原子直接参与结合。因此，这些片段可用于交叉保护并开发可用于血清诊断的begomovirus特异性抗体。