蛋白质组学与生物信息学杂志
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花生芽坏死病毒 (GBNV) MHC 结合肽和表位的预测

Gomase VS、Kale KV 和 Shyamkumar K

一种病毒病2000 年开斋节期间，安得拉邦的花生作物遭受损失。推测是由花生芽坏死病毒 (GBNV) 引起的，这种病毒在印度广泛分布。它是影响花生种植尤其是夏季的重要虫害之一。花生芽坏死病毒核衣壳肽最适合亚单位疫苗的开发，因为其具有单一表位，可以在大群体中产生免疫反应。分析表明，SMV 外壳蛋白的 MHC II 类结合肽是保护许多植物免受病毒感染的重要决定因素。在该测定中，我们预测了具有276个氨基酸的SMV基因组多蛋白的结合亲和力，其显示了268个九聚物。在此分析中，我们发现了基于 SVM 的 MHCII-IAb 肽区域，171- PLAYYQNVK，95- RTEAFIRTK、90- DWTFKRTEA、37- KAFYDANKT，（最佳分数为 1.059）；MHCII-IAd肽区域，159-LSSMTGLAP、68-KSGKYVFCG、11-KIKELLAGG、49-TFTNCLNIL，（最佳得分为0.702）；MHCIIIAg7 肽区域，128-PLVAAYGLN、127-LPLVAAYGL、18-GGSADVEIE、39-FYDANKTLE，（最佳评分为 1.551）；和MHCII-RT1.B肽区域，49-TFTNCLNIL、247-DKAFSASLS、110-KSKNDAAKQ、92-TFKRTEAFI，（最佳得分为1.092），其代表来自核衣壳蛋白的预测结合物。该方法集成了肽 MHC I 类结合的预测；GBNV 核衣壳蛋白的蛋白酶体 C 末端切割和 TAP 转运效率。因此，一小段抗原可以诱导针对整个抗原的免疫反应。这一主题在亚单位和合成肽疫苗的设计中得以实现。（最佳分数为1.059）；MHCII-IAd肽区域，159-LSSMTGLAP、68-KSGKYVFCG、11-KIKELLAGG、49-TFTNCLNIL，（最佳得分为0.702）；MHCIIIAg7 肽区域，128-PLVAAYGLN、127-LPLVAAYGL、18-GGSADVEIE、39-FYDANKTLE，（最佳评分为 1.551）；和MHCII-RT1.B肽区域，49-TFTNCLNIL、247-DKAFSASLS、110-KSKNDAAKQ、92-TFKRTEAFI，（最佳得分为1.092），其代表来自核衣壳蛋白的预测结合物。该方法集成了肽 MHC I 类结合的预测；GBNV 核衣壳蛋白的蛋白酶体 C 末端切割和 TAP 转运效率。因此，一小段抗原可以诱导针对整个抗原的免疫反应。这一主题在亚单位和合成肽疫苗的设计中得以实现。（最佳分数为1.059）；MHCII-IAd肽区域，159-LSSMTGLAP、68-KSGKYVFCG、11-KIKELLAGG、49-TFTNCLNIL，（最佳得分为0.702）；MHCIIIAg7 肽区域，128-PLVAAYGLN、127-LPLVAAYGL、18-GGSADVEIE、39-FYDANKTLE，（最佳评分为 1.551）；和MHCII-RT1.B肽区域，49-TFTNCLNIL、247-DKAFSASLS、110-KSKNDAAKQ、92-TFKRTEAFI，（最佳得分为1.092），其代表来自核衣壳蛋白的预测结合物。该方法集成了肽 MHC I 类结合的预测；GBNV 核衣壳蛋白的蛋白酶体 C 末端切割和 TAP 转运效率。因此，一小段抗原可以诱导针对整个抗原的免疫反应。这一主题在亚单位和合成肽疫苗的设计中得以实现。49- TFTNCLNIL，（最佳分数为0.702）；MHCIIIAg7 肽区域，128-PLVAAYGLN、127-LPLVAAYGL、18-GGSADVEIE、39-FYDANKTLE，（最佳评分为 1.551）；和MHCII-RT1.B肽区域，49-TFTNCLNIL、247-DKAFSASLS、110-KSKNDAAKQ、92-TFKRTEAFI，（最佳得分为1.092），其代表来自核衣壳蛋白的预测结合物。该方法集成了肽 MHC I 类结合的预测；GBNV 核衣壳蛋白的蛋白酶体 C 末端切割和 TAP 转运效率。因此，一小段抗原可以诱导针对整个抗原的免疫反应。这一主题在亚单位和合成肽疫苗的设计中得以实现。49- TFTNCLNIL，（最佳分数为0.702）；MHCIIIAg7 肽区域，128-PLVAAYGLN、127-LPLVAAYGL、18-GGSADVEIE、39-FYDANKTLE，（最佳评分为 1.551）；和MHCII-RT1.B肽区域，49-TFTNCLNIL、247-DKAFSASLS、110-KSKNDAAKQ、92-TFKRTEAFI，（最佳得分为1.092），其代表来自核衣壳蛋白的预测结合物。该方法集成了肽 MHC I 类结合的预测；GBNV 核衣壳蛋白的蛋白酶体 C 末端切割和 TAP 转运效率。因此，一小段抗原可以诱导针对整个抗原的免疫反应。这一主题在亚单位和合成肽疫苗的设计中得以实现。49- TFTNCLNIL、247- DKAFSASLS、110- KSKNDAAKQ、92- TFKRTEAFI（最佳得分为 1.092），代表来自核衣壳蛋白的预测结合物。该方法集成了肽 MHC I 类结合的预测；GBNV 核衣壳蛋白的蛋白酶体 C 末端切割和 TAP 转运效率。因此，一小段抗原可以诱导针对整个抗原的免疫反应。这一主题在亚单位和合成肽疫苗的设计中得以实现。49- TFTNCLNIL、247- DKAFSASLS、110- KSKNDAAKQ、92- TFKRTEAFI（最佳得分为 1.092），代表来自核衣壳蛋白的预测结合物。该方法集成了肽 MHC I 类结合的预测；GBNV 核衣壳蛋白的蛋白酶体 C 末端切割和 TAP 转运效率。因此，一小段抗原可以诱导针对整个抗原的免疫反应。这一主题在亚单位和合成肽疫苗的设计中得以实现。