蛋白质组学与生物信息学杂志
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恶臭假单胞菌的物种范围基因组挖掘，用于潜在的次生代谢物和类药天然产物表征

Sara Aiman、Muhammad Shehroz、Mehwish Munir、Sahib Gul、Mohibullah Shah 和 Asifullah Khan

恶臭假单胞菌 (P. putida) 的革兰氏阴性细菌对于多种生物合成途径的异源表达和众多次生代谢物的生物合成非常重要。编码此类次级代谢物生物合成蛋白质的基因在微生物基因组中组织为簇，以实现整个生物合成机制的协调表达。公共 DNA 序列数据库中提供了 50 多个不同菌株的完整和全基因组序列，为研究生态多样化恶臭假单胞菌菌株的遗传编码次级代谢潜力提供了绝佳的机会。我们利用先进的生物信息学资源来注释迄今为止可用的恶臭假单胞菌菌株基因组的生物合成基因簇（BGC）和次级代谢物化学支架的基础。P。人们发现 puida 菌株具有编码多种次生代谢物生物合成分子机制的基因组特征。发现这些代谢物相应的 BGC 在不同的恶臭假单胞菌菌株中具有独特的分布，推测它们在菌株生态能力获得中的作用。化学信息学去重复和 DrugBank 数据库搜索揭示了一种假定的代谢物与 2, 3, 二羟基苯甲酰丝氨酸的化学模拟，该代谢物在先天免疫反应期间介导抗生素铁耗竭以及人中性粒细胞脂质运载蛋白。恶臭菌株推测它们在菌株获得生态能力方面的作用。化学信息学去重复和 DrugBank 数据库搜索揭示了一种假定的代谢物与 2, 3, 二羟基苯甲酰丝氨酸的化学模拟，该代谢物在先天免疫反应期间介导抗生素铁耗竭以及人中性粒细胞脂质运载蛋白。恶臭菌株推测它们在菌株获得生态能力方面的作用。化学信息学去重复和 DrugBank 数据库搜索揭示了一种假定的代谢物与 2, 3, 二羟基苯甲酰丝氨酸的化学模拟，该代谢物在先天免疫反应期间介导抗生素铁耗竭以及人中性粒细胞脂质运载蛋白。