蛋白质组学与生物信息学杂志
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液相色谱-质谱法的蛋白质组学工作流程标准化：技术和统计考虑因素

Sudhir Srivastava、Michael Merchant、Anil Rai 和 Shesh N. Rai

简介：基于液相色谱 (LC) 与质谱 (MS) 相结合的定量测量经常遇到技术变异导致的缺失值和数据异质性问题。我们考虑了从人类肾活检材料生成的蛋白质组学数据集，以研究样品制备和定量 MS 的技术效果。

方法：我们研究了组织储存方法（TSM）和组织提取方法（TEM）对数据分析的影响。TSM有两种：冷冻（FR）和FFPE（福尔马林固定石蜡包埋）；以及三个 TEM：MAX、TX 后接 MAX，SDS 后接 MAX。我们评估了不同策略的影响来分析数据，同时考虑异质性和 MV。我们使用方差分析 (ANOVA) 模型来研究各种变异来源造成的影响。

结果和结论：我们发现 FFPE TSM 优于 FR TSM。我们还发现一步 TEM (MAX) 优于两步 TEM。此外，我们发现插补方法是比排除具有 MV 的蛋白质或使用不平衡设计更好的方法。