免疫组学研究
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抽象的

肽-MHC I 类结合统计预测中的氨基酸生物物理特性

苏拉吉特·雷和托马斯·B·开普勒

背景：对病原体或疫苗产生适应性免疫反应的关键步骤是短肽与主要组织相容性复合物（MHC）分子的结合，以呈递给 T 淋巴细胞，从而被激活并分化为效应细胞和记忆细胞。疫苗的合理设计部分在于识别适当的肽来实现这一过程。目前有几种算法可用于进行此类预测，但这些算法仅限于少量 MHC 分子，并且具有良好但不完善的预测能力。结果：我们对利用氨基酸的生物物理特性的自然表现所获得的力量进行了探索。我们使用了几个众所周知的统计分类器，使用按名称对氨基酸进行简单编码或按生物物理特性进行编码。在所有情况下，通过生物物理特性进行编码会大大降低误分类错误。结论：使用一些重要的生物生理化学特性表示氨基酸为表示肽提供了天然基础，并极大地改进了肽-MHC I 类结合预测。