蛋白质组学与生物信息学杂志
开放获取

抽象的

测序过程中扩增子二级结构的形成和延伸

Elham Davoudi-Dehaghani、Sirous Zeinali、Nejat Mahdieh、Atefeh Shirkavand 和 Hamideh Bagherian

了解复制、转录和重组等不同分子过程的确切机制，以及改进单链 DNA 的不同应用，需要增加我们对单链 DNA 二级结构不同特性的了解。尽管在这一领域做出了一些努力，但我们对确切机制的了解仍然非常有限。在我们对听力损失的调查中，我们发现一名疑似 TMC1 基因突变的患者的外显子 5 的测序结果不寻常。BLASTN用于找出测序结果中出现的额外片段的来源。Mfold 网络服务器用于研究测序过程中扩增子二级结构的形成是否是造成这种延伸的原因。我们对 DNA 序列的研究表明，额外的序列是紧接反向引物序列之后插入的前 270 个核苷酸的反向重复序列。为了研究该重复的起源，我们在琼脂糖凝胶上运行原始 PCR 产物，没有观察到大小增加。这表明反向重复序列是在测序过程中由于二级结构形成和随后的延伸而形成的。尽管存在上述情况，Mfold Web 服务器并未预测这种假设的结构。然而，当我们提交该序列的RNA等价物时，上述服务器建议形成几个二级结构，其中其中一个与预测的非常相似。Mfold 无法预测我们序列的 DNA 二级结构可能在于其热力学参数。DNA 测序过程中的这一发现表明，dNTP 和 DNA 聚合酶存在下的单链 DNA 延伸可以作为研究单链 DNA 二级结构的新方法。