病毒学与真菌学
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抽象的

从埃塞俄比亚两个苏打湖获得的放线菌的基因组分析

Kenesa Chali1*、Ketema Bacha2、Zerihun Belay1、Tolessa Muleta1

背景：正如之前的一些研究表明，应该确定放线菌基因中启动子和基因体区域的调控元件、转录起始位点（TSS）以了解基因调控机制。对埃塞俄比亚两个苏打湖中分离的放线菌基因组进行了计算调查和计算机分析。使用十个功能序列分析启动子区域及其调控元件。

结果：鉴定了分离放线菌十 (10) 个功能基因中每一个的 TSS。大约92%的放线菌基因含有两个以上的TSS，并且具有最高预测分数的TSS被认为确定了基因的启动子区域。选择并研究具有多个 TSS 和最高预测得分的 TSS 的基因，我们的结果表明，只有来自赤图湖的放线菌基因 LC-21 和来自阿伦瓜德湖的 LA-21 具有单个 TSS，而 92% 的基因包含更多的 TSS。多于两个 TSS。一般来说，只有赤土湖的放线菌分离株 (LC-13) 基因最多有六 (6) 个 TSS。总共确定了七个常见的候选主题。这些候选基序在启动子区域的位置和分布由相对于 TSS 的 Mot I 主导。取决于它们的重要性值；海藻酸盐和运动调节Z因子家族(4.00e-01)参与放线菌基因的调节机制。放线菌基因组的启动子区和基因体区均不存在CpG岛。

结论：我们的研究对于预测已测序放线菌的功能基因、放线菌次生代谢化合物的新型生物合成基因簇（失活或隐秘途径）以及生物技术和制药行业的机会以及进一步详细描述从两种放线菌中分离的放线菌基因组的分子特征具有重要意义。埃塞俄比亚的苏打湖。