转录组学：开放获取
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抽象的

草莓白粉病（Podosphaera aphanis）侵染后差异表达基因的全转录组分析及鉴定

施里达尔·詹巴吉 (Shridhar Jambagi)、吉姆·邓威尔 (Jim M. Dunwell)

背景：草莓白粉病的病原菌Podosphaera aphanis 在全世界范围内造成了重大的经济损失。

方法：我们使用二倍体草莓品种 Fragaria vesca 作为模型来研究植物病原体相互作用。RNA-seq 用于从两个种质 F. vesca ssp 生成转录组数据集。vesca Hawaii 4 (HW) 和 F. vesca f. 感染后 1 天 (1 DAI) 和 8 天 (8 DAI) 的 semperflorens Yellow Wonder 5AF7 (YW)。

结果：在总读数中，确定了约 9.99 亿 (92%) 映射到 F. vesca 基因组。这些转录本分别来自三个时间点（对照、1 和 8 DAI）的 HW 和 YW 中总共 23,470 个和 23,464 个基因。分析发现，在 HW 中，对照和 1 DAI、对照和 8 DAI、1 和 8 DAI 之间分别有 1,567、1,846 和 1,145 个上调基因。同样，YW 中有 1,336、1,619 和 968 个基因上调。在所有三个时间点之间，HW 中还分别鉴定了 646、1,098 和 624 个下调基因，而 YW 中分别有 571、754 和 627 个基因下调。

结论：对 HW 和 YW 中对照和 1 DAI 之间的差异表达基因（log2 倍数变化±5）进行调查，发现了大量与次生代谢、信号转导相关的基因；转录调控和抗病性高表达。其中包括类黄酮 3´-单加氧酶-单加氧酶、过氧化物酶 15、葡聚糖内切-1,3-β-葡萄糖苷酶 2、受体样激酶、转录因子、胚芽样蛋白、F-box 蛋白、NB-ARC 和 NBS-LRR蛋白质。这是 RNA-seq 首次应用于草莓中任何病原体相互作用。