病毒学与真菌学
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中国烟草花叶病毒的出现和时空传播史

马佐克雷等人

烟草花叶病毒（TMV）在中国的持续传播威胁并减少了烟草和其他作物生产的收益。确定 TMV 在中国首次出现的方式和时间、其当前的进化速度、扩散途径、空间和植物宿主分布，有助于最大限度地降低与花叶病 (MD) 相关的风险。此处，110 个 TMV 外壳蛋白 (CP) 基因序列在 1997 年至 2015 年间从中国 18 个地理位置（14 个省、两个直辖市和两个自治区）的 12 个不同植物宿主中采样，用于 BEAST v1 中实施的概率贝叶斯推理框架.8.1 重建TMV从出现到时空扩散的进化史。这需要估计和推断；(a) TMV 最近共同祖先 (MRCA) 出现的时间和地点，(b) 进化速度，(c) 扩散途径，(d) 遗传多样性水平，以及 (e) 病毒之间的系统发育关系。本研究推断，TMV 于 1924 年左右（95% HPD；1860 年至 1971 年）在河南省出现。其平均核苷酸取代率为 1.09 × 10-3，略高于之前的 TMV 和烟草花叶病毒属物种比率。TMV 目前在中国广泛的空间和植物宿主分布主要是由于 (i) 利用 15 贝叶斯因子支持的扩散途径，其中 60% 是从云南省向近端和远端采样地点向外传播的病毒传播，以及 (ii) 越来越多地转向具有成本效益的烟草作物替代品和采用混合作物耕作系统。这些分析还表明，云南省很可能既是TMV 在中国各地传播的源头而不是汇点，也是TMV 跨中国流动的主要通道。最后，结果还表明，TMV 种群表现出较低的有效种群规模和遗传多样性水平，而来自不同宿主的个体在系统发育上相似，可能是由于强大的瓶颈和纯化选择。这些分析还表明，云南省很可能既是TMV 在中国各地传播的源头而不是汇点，也是TMV 跨中国流动的主要通道。最后，结果还表明，TMV 种群表现出较低的有效种群规模和遗传多样性水平，而来自不同宿主的个体在系统发育上相似，可能是由于强大的瓶颈和纯化选择。这些分析还表明，云南省很可能既是TMV 在中国各地传播的源头而不是汇点，也是TMV 跨中国流动的主要通道。最后，结果还表明，TMV 种群表现出较低的有效种群规模和遗传多样性水平，而来自不同宿主的个体在系统发育上相似，可能是由于强大的瓶颈和纯化选择。