蛋白质组学与生物信息学杂志
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抽象的

菠菜抗氧化蛋白的计算机分析和同源建模

Archna Sahay 和 Madhvi Shakya

菠菜是一种重要的膳食蔬菜，通常具有有益的健康作用。本文采用生物信息学和分子建模方法来探索菠菜抗氧化蛋白的性质和结构。本研究选择的抗氧化蛋白是抗坏血酸过氧化物酶 (APX)、脱氢抗坏血酸还原酶 (DHAR)、磷脂氢过氧化物谷胱甘肽过氧化物酶样蛋白 (PHGPX) 和 2-Cys 过氧化还原蛋白 BAS1 (2-CPs)。物理化学表征解释了 pI、EC、AI、GRAVY 和不稳定性指数等特性，并提供有关这些蛋白质及其特性的数据。对基序、图案、二硫桥和二级结构进行预测以进行功能表征。PDB 尚未提供这些蛋白质的三维结构。所以，开发了这些抗氧化蛋白的同源模型。这些蛋白质三维结构的建模表明，与 Geno3D 和 Swiss Model 生成的模型相比，Modeller 生成的模型更容易被接受。使用蛋白质结构检查工具 PROCHECK 和 WHAT IF 验证模型。这些结构将为实验衍生的晶体结构的功能分析提供良好的基础。