蛋白质组学与生物信息学杂志
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印度明对虾血细胞原酚氧化酶激活因子丝氨酸蛋白酶基因的计算机同源建模

巴斯卡拉林加姆·瓦西哈兰和西瓦卡马·瓦利。J

在无脊椎动物中，免疫系统包括包膜、吞噬作用和结节形成，而体液反应包括凝血、抗菌肽的合成和原酚氧化酶 (proPO) 系统的激活。丝氨酸蛋白酶 (SP) 是参与酚氧化酶原激活的最大蛋白水解酶家族之一。丝氨酸蛋白酶的主要特征是通过三对保守的二硫桥互连。尽管剪辑域的确切功能目前尚不清楚，但对其功能存在某些猜测。本研究报告了通过计算机同源模型研究预测的新型免疫相关基因丝氨酸蛋白酶的三维结构。物理化学表征解释了 pI、EC、AI 等特性，GRAVY 和不稳定性指数并提供有关此剪辑域丝氨酸蛋白酶的有价值的数据。对基序、模式、二硫键和二级结构进行预测，以表征丝氨酸蛋白酶的功能。PDB 尚未提供这些蛋白质的三维结构。因此，开发了该丝氨酸蛋白酶蛋白的同源模型。蛋白质三维结构的建模表明，与 Swiss Model 相比，Modeller9V8 生成的模型更容易被接受。使用蛋白质结构检查工具 PROCHECK 和 WHAT IF 验证模型。这些结构将为实验衍生的晶体结构的功能分析提供良好的基础。提出了计算机模拟研究的更好结果，并可能有助于发现新的合成免疫相关肽或丝氨酸蛋白酶衍生物，这有助于了解丝氨酸蛋白酶参与甲壳类动物酚氧化酶激活系统的机制。虾免疫相关蛋白丝氨酸蛋白酶的晶体结构预测将有助于探索其他生命科学药代动力学和毒理学、药物设计和化学信息学等。