蛋白质组学与生物信息学杂志
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抽象的

基于 LC/MS 的内源性衰变标记物监测用于血清样本的质量评估

Jorg Oliver Thumfart、Nada Abidi、Sonani Mindt、Victor Costina、Ralf Hofheinz、Frank Klawonn、Michael Neumaier 和 Peter Findeisen

简介：分析前的变化对大多数生物测定有重大影响。特别是，由于血清和血浆的高内在蛋白水解活性，基于 MS 的血液样本多参数蛋白质组学分析受到有限的蛋白质稳定性的严重影响。然而，血清样本的样本质量 (DASQ) 直接分析并不容易实现。在这里，我们提出基于质谱的肽模式监测，这些肽模式以时间依赖的方式在离体变化，以减轻这些限制。

材料和方法：对健康对照 (n=3) 和结直肠癌患者的血清样本进行了一组内源性肽 (n=62) 的分析。在抽血后 1 小时至 48 小时的不同分析前时间点，用 LC/MS 监测各自的蛋白水解片段。使用结直肠癌患者 (n=30) 的血清样本训练集构建了算法。使用独立的患者测试集（n = 20）进行进一步验证。

结果：真实时间点和估计时间点的线性回归的决定系数 (R2) 为 0.89。然而，与较旧的标本（> 8 小时）相比，分析前时间跨度低于 8 小时的标本的分类准确性更高。

结论：内源肽在血液样本中以时间依赖性方式被加工。这种“蛋白质组降解时钟”可用于估计血清样本的分析前质量。这在研究或诊断应用中的深入蛋白质组分析方法或其他费力分析之前特别相关。因此，可以识别低质量的样本，并随后将其排除在进一步分析之外，以避免任何不需要的分析前偏差。