蛋白质组学与生物信息学杂志
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抽象的

茭白属（Zizaniinae）两个完整质体基因组之间的有限多态性

吴志强、谷翠华、Luke R Tembrock 和宋歌

质体通过内共生起源于蓝细菌，含有自己的DNA基因组（质体），并且在大多数植物物种中都是单亲遗传的。在本研究中，我们报告了通过传统桑格测序获得的满洲野生稻（Zizania latifolia）完整的质体组序列，并将其与先前发表的同属北美野生稻（Z. Aquatica）的质体组进行了比较。Z. latifolia 的质体序列总长度为 136,461 bp，呈现出典型的环状结构，包括一对 20,878 bp 的反向重复序列 (IRa, b)，其由 82,115 bp 的大单拷贝区域 (LSC) 和小单拷贝区域 (LSC) 隔开。 -复制区（SSC）为12,590 bp，仅比北美野生稻长97 bp。基因内容、顺序和方向与所有其他草种相似。两种质体结构中的四个连接点在茭白属物种之间完全相同。通过完整的基因组比较，在两种茭白质体之间发现了 744 个（LSC、IR 和 SSC 为 568、46 和 130 个）替换，其中 267 个来自编码区，477 个来自非编码区。插入/缺失 (Indel) 主要存在于非编码区 (136)，除了 rpoC2 基因编码区中唯一的一个重复插入/缺失。信息最丰富的生物标志物（rps16-trnQ、ndhF 和 matK）也是两个茭白物种之间差异最大的。这两个茭白物种完成的质体组和比较分析将成为茭白亚科进一步系统或群体遗传学研究、标记辅助育种和质体转化的重要资源。