免疫组学研究
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根据风疹病毒 E1、E2 和衣壳蛋白预测多肽疫苗：一种计算机模拟方法

Shaima Nasr Eldeen Mohamed Elgenaid、Ebrahim Mohammed Al-Hajj、Ahmed Abdulkarim Ibrahim、Mohammed Elmujtaba Adam Essa、Ahmed Hamdi Abu-haraz、Khoubieb Ali Abd-elrahman 和 Mohamed A Hassan

风疹是一种单链RNA病毒，属于披膜病毒科。如果在怀孕期间感染母亲，它会通过呼吸道飞沫传播引起风疹，并导致先天性风疹综合症。目前的减毒疫苗是 MMR 疫苗的一部分。它有许多副作用，孕妇和免疫抑制者禁用。本研究的目的是确定来自 E1、E2 和衣壳蛋白的抗原肽，这些抗原肽可用于使用In-Silico进行多肽疫苗设计学习。从 NCBI 获得了三种蛋白质的总共 189 个序列，并使用 CLUSTALW 工具进行多重序列比对以确定保守区域。免疫表位数据库工具用于确定 B 细胞表位，这些工具是 Bepipred 线性 B 细胞表位预测、表面可及性和抗原性预测。还使用 IEDB 软件确定了与 MHC I 类和 II 类的表位结合及其群体覆盖度。分析结果如下，E1 的 B 细胞结合为（PVCQRHSP、QYHPTAC 和 QVPPD），E2 的 B 细胞结合为（AQYPP、PAHP 和 TTAANSTTAATPATA），衣壳蛋白的 B 细胞结合为（PPPP、PPQQPQPP 和 PPHT）。所有这些肽在线性 B 细胞表位预测、表面可及性和抗原性预测方面均具有高分。另一方面，与 MHC I 类发生反应的肽是（YFNPGGSYY，FVLLVPWVL和FTNLGTPPL)分别形成E1、E2和衣壳蛋白。值得注意的是，E2 蛋白的肽 FVLLVPWVL 也以高亲和力与 MHC II 类结合。所有 T 细胞肽都具有最高的群体覆盖率，并且发现本研究中所有肽的组合覆盖率为 100%。使用计算机研究将确保降低毒力和副作用的风险。需要对动物模型中的抗体反应进行评估，以确认这些表位在诱导保护性免疫反应中的功效。使用计算机研究将确保降低毒力和副作用的风险。需要对动物模型中的抗体反应进行评估，以确认这些表位在诱导保护性免疫反应中的功效。使用计算机研究将确保降低毒力和副作用的风险。需要对动物模型中的抗体反应进行评估，以确认这些表位在诱导保护性免疫反应中的功效。