蛋白质组学与生物信息学杂志
开放获取

抽象的

使用虚拟实验 2DE 对高级胶质母细胞瘤进行蛋白质组学分析

Stanislav Naryzhny、Maria A Maynskova、Victor G Zgoda、Natalia L Ronzhina、Svetlana E Novikova、Natalia V Belyakova、Olga A Kleyst、Olga K Legina、Rimma A Pantina 和 Michael V Filatov

使用二维电泳 (2DE)、质谱 (ESI LC-MS/MS) 和免疫检测对高级胶质母细胞瘤产生的细胞系中存在的不同蛋白质形式（蛋白质种类）进行鉴定和定量分析。获得了包含广泛数据集的 2DE 蛋白质图谱，该数据集包含 600 个基因的 937 个点和 1542 个独特的蛋白质鉴定（蛋白质形式）。此外，还进行了另一组实验，其中根据 96 个凝胶切片（像素）中的位置，通过 MS/MS 鉴定了由 4050 个基因编码的 16012 个蛋白质形式。人们特别关注作为胶质母细胞瘤潜在生物标志物的蛋白质。这些生物标志物的列表是根据文献编制的。下一个，我们生成了包含同一基因编码的蛋白质形式的理论和实验信息的图表。这种虚拟实验表示可以更好地可视化这些基因产物的状态。许多蛋白质（也是胶质母细胞瘤的潜在生物标志物）的特点是蛋白质种类较多。我们假设这些物种可能是胶质母细胞瘤高度特异性生物标志物的潜在来源。