免疫治疗：开放获取
开放获取

抽象的

泛癌中 TCR 和 BCR 的多样性和异质性

陈玉宝*、李波1、胡文祥*、徐立达*、唐惠学、张静、郭金丹

简介：随着测序技术的发展，RNA-seq变得越来越流行。利用RNA-seq技术分析免疫组库的方法具有样本需求低、操作简单、信息全面的优点。

方法：从NCBI的SRA下载RNA测序数据，包括79对4种代表性癌症类型的癌及癌旁非癌组织样本，根据文献资料，采用CutAdapt软件去除接头、条形码碱基和低质量碱基。MiXCR软件包用于提取免疫库受体序列。

结果：利用公共数据库的RNA-seq数据对结肠腺癌、肺腺癌、胰腺腺癌和胃腺癌4种癌症的癌组织和正常组织的TCR和BCR序列进行分析比较。研究发现，各类癌症之间TCR的克隆多样性不同，癌组织与健康组织之间的BCR差异明显。基于非共享CDR3序列分析，TRB的异质性程度为不同癌症类型、同一癌症的不同个体、同一个体的癌组织和癌旁组织。此外，五种主要免疫检查点基因的表达水平与TCR克隆计数之间的相关性在不同类型的癌症中表现出不同的相关性。

结论：通过对COAD、LUAD、PAAD和STAD的癌组织和癌旁非癌组织的免疫组库进行分析，发现同一癌类型内TCR计数和香农熵没有显着差异。但不同癌症类型之间的 TCR 数和香农熵存在显着差异。结果验证了RNA-seq分析在获取个体免疫库方面的优势。