蛋白质组学与生物信息学杂志
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约氏黄杆菌酪氨酸氨裂解酶 (Fjtal) 的计算机结构预测和 L-酪氨酸、对香豆酸 (pHCA) 和咖啡酸的分子对接

赛义德·阿米尔雷斯·穆萨维·马吉达

负责约氏黄杆菌中 L-酪氨酸转化为对香豆酸，FjTAL引起了许多生化工程师的注意，他们希望开展可持续的生物合成方案来生产芳香族化合物。在本研究中，借助各种计算工具，预测了FjTAL的二级和三级结构。结果表明，FjTAL 在作为胞质酶活性时形成同源四聚体，并且主要由 α 螺旋组成。借助分子对接，我们可以推测FjTAL很可能以相似的分子机制与L-酪氨酸、对香豆酸和咖啡酸结合，因此对香豆酸和咖啡酸可能表现出负反馈反应趋向于酶并竞争性地抑制其活性。已经发现了两个不同的结合口袋，其中之一包含多个物种之间高度保守的残基。形成辅基 3, 5-二氢-5-亚甲基-4H-咪唑-4-酮 (MIO) 的残基也出现在进化保守的结合袋中。另一个发现的空腔可能是配体的第二个结合位点，也可能只是分子对接任务的产物。