蛋白质组学与生物信息学杂志
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抽象的

不同真核生物分泌蛋白预测计算方法的评价

项嘉敏

分泌蛋白在真核生物中发挥着重要的生物学作用。从完全测序的基因组的预测蛋白质组中计算鉴定所有分泌蛋白（即分泌组）是功能注释中的重要步骤。为了开发真核生物不同界中分泌蛋白的筛选方法，我们评估了 SignalP、Phobius、TargetP 和 WolfPsort 单独使用或与 TMHMM 和 PS-Scan 组合使用的预测准确性。预测精度由马修斯相关系数（MCC）表示。这些工具在预测不同真核生物界的分泌蛋白方面表现出不同的强度。当使用单个工具时，我们发现准确率最高的工具是针对真菌的 WolfPsort (73.1%)、针对动物的 Phobius (82.8%)、针对植物的 SignalP (55.4%)、原生生物的分别为 Phobius 和 Phobius (42.1%)。除了使用Phobius之外，将预测工具与TMHMM相结合显着提高了所有数据集的预测精度。根据测量的准确度，建议使用以下方法在不同真核生物中进行分泌组预测：真菌的 SignalP/TMHMM/ WolfPsort/Phobius/PS-Scan (83.4%)、动物的 Phobius/WolfPsort/PS-Scan (86.7) %)、针对植物的 SignalP/TMHMM/ Phobius/TargetP/PS-Scan (73.2%)，以及结合针对原生生物的所有工具 (52.8%)。