蛋白质组学与生物信息学杂志
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抽象的

用于标准化液相色谱-质谱数据蛋白质组学工作流程的交互式网络工具

Sudhir Srivastava、Michael Merchant、Anil Rai 和 Shesh N. Rai

简介：蛋白质组学实验涉及多个步骤，工作流程中的每个步骤都有多种选择。因此，蛋白质组学工作流程的标准化是蛋白质组学实验设计的一项重要任务。然而，基于液相色谱-质谱法的定量测量存在一些挑战，例如由于技术可变性和缺失值而导致的异质性。

方法：我们引入了一个网络应用程序，蛋白质组学工作流程标准化工具（PWST）来标准化蛋白质组学工作流程。该工具将有助于为实验的每个步骤确定最合适的选择。这是基于识别变异性最小的步骤/选择，例如比较变异系数 (CV)。我们在带有分类变量和连续变量的数据上演示了该工具。我们使用一般线性模型、协方差分析和固定效应方差分析的特殊情况来研究各种变异来源造成的影响。我们提供了各种选项，有助于找到每个变量和 CV 的平方和的贡献。即使存在缺失值，用户也可以分析蛋白质和肽水平的数据变异性。

可用性和实现： “PWST”的源代码是用 R 编写的，并作为闪亮的 Web 应用程序实现，可以从 https://ulbbf.shinyapps.io/pwst/ 免费访问。