蛋白质组学与生物信息学杂志
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使用福尔马林固定、石蜡包埋的活检组织对炎症性疾病进行定量蛋白质组学

Abhimanyu Amarnani、Joseph R. Capri、Puneet Souda、David A. Elashoff、Ivan A. Lopez、Julian P. Whitelegge*、Ram R. Singh*

背景：由于缺乏用于全球数据驱动方法的新鲜冷冻组织（FFT），人类疾病发病机制的研究受到了阻碍。作为替代方案，福尔马林固定石蜡包埋 (FFPE) 组织在病理学库中很容易获得。然而，使用福尔马林进行固定可能会导致炎症期间出现的蛋白质丢失，从而引入固有的样本偏差。为了解决这个问题，我们比较了 FF 和 FFPE 组织蛋白质组学，以确定 FFPE 组织是否可以有效用于炎症性疾病。

方法：将狼疮肾病小鼠的相邻肾切片处理为 FFPE 或 FFT。他们的组织裂解物使用蛋白质组学工作流程一起运行，包括过滤辅助样品制备、溶液内二甲基同位素标记、StageTip 分级分离和通过 Orbitrap XL MS 的纳米 LC MS/MS。

结果：我们报告小鼠狼疮肾病肾脏中相邻 FFPE 和 FFT 的蛋白质鉴定一致性 >97%。具体来说，代表途径的蛋白质，即“系统性红斑狼疮”、“干扰素-α”、“TGF-β”和“细胞外基质”，在 FFPE 和 FFT 之间进行了可重复定量。然而，与 FFT 相比，FFPE 中 12%-29% 的蛋白质定量有所不同，但不同实验中的差异是一致的。特别是，某些通路中代表的蛋白质，包括“炎症反应”和“先天免疫系统”，在 FFPE 中的量化量低于 FFT 中的量。在对人类 FFPE 组织的初步研究中，我们与对照肾脏相比，在狼疮肾病肾活检中鉴定了与发病机制相关的蛋白质。

结论：这是第一份使用 FFPE 组织进行狼疮性肾炎肾脏蛋白质组学的报告。我们得出的结论是，存档的 FFPE 组织可以可靠地用于炎症性疾病的蛋白质组学分析，但需要注意的是，某些与免疫和炎症相关的蛋白质在 FFPE 中的定量可能少于 FFT。